1912 год. Соединенные Штаты добились мирового господства, а летающий город Колумбия, открытый с большой помпой под ликование восторженной публики, стал величественным символом американских идеалов. Однако многообещающее начинание вскоре обернулось катастрофой: по неизвестной причине город внезапно исчез в заоблачной дали. Величайшее достижение Америки улетучилось бесследно…
В этой полной загадок истории главная роль отводится бывшему сыщику агентства Пинкертона Букеру ДеВитту. Он был послан в Колумбию с целью разыскать и освободить некую Элизабет, для которой город будущего стал летающей тюрьмой еще в детстве. Детективу предстоит наладить взаимоотношения с девушкой, чтобы использовать ее и свои необычные способности сообща, — ведь выбраться из Колумбии, которая ежесекундно теряет высоту (а потому ее крушение — лишь вопрос времени), у них получится только вдвоем.

В отличие от второй части серии Far Cry, действие новой игры Far Cry 3 разворачивается не в Африке, а на необычайно красивом тропическом острове. Главный герой, Джейсон Броди, отправляется с друзьями в отпуск в райский уголок на краю Земли. И тут же оказывается в заложниках у банды пиратов под предводительством безумного убийцы Вааса. В этом диком раю нет места закону и состраданию, тут выживает сильнейший. Броди будет втянут в кровопролитную войну между пиратами и местными повстанцами, в которой кровь, свинец и [цензура] льются рекой. Чтобы выжить, ему придется договариваться, бить исподтишка, но чаще всего – идти напролом, не жалея пуль.