Действие начинается с того же момента, на котором закончился Half-Life 2. В конце предыдущей игры главный герой Гордон Фримен помешал председателю Уоллесу Брину телепортироваться в столицу Альянса и уничтожил реактор тёмной энергии вместе с одним из персональных телепортов Цитадели. На этом месте время внезапно остановилось, звуки исчезли; стоявшая рядом Аликс Вэнс застыла в нескольких метрах от эпицентра взрыва. Из ниоткуда перед игроком возник таинственный G-Man и, похвалив его за проделанную работу, вновь погрузил Гордона в стазис...