События Red Faction: Armageddon происходят по прошествии полстолетия после жорких событий и освобождения Марса от Сил Земной Защиты. Однако мир на красной планете продержался недолго, и теперь новая смертельная угроза предстала над обитателями Марса. Все начинается с того, что полезный Терраформер, который производил на планете атмосферу, похожую на Земную, был уничтожен. Жить на поверхности теперь стало опасно из-за постоянных торнадо, штормов и других погодных катаклизмов. Чтобы выжить, колонисты переселились в подземные шахты и проложили там сеть из обитаемых пещер.

Дарий Мэйсон становится свидетелем гибели жизни на поверхности Красной Планеты, лишенной кислорода стараниями ренегатов. Колонисты вынуждены искать спасения под землей, не подозревая о страшной угрозе, поджидающей человечество в марсианских недрах.