Действие игры разворачивается осенью 1944-го... Войска союзников стягивают силы для нанесения мощного удара по противнику. На широком участке западного побережья Франции под прикрытием авиации готовится высадка большого десанта морских пехотинцев.

Главная героиня «Восстания» — девушка Джамиль Ли, которую Альянс отправил в тюрьму «Нова Проспект» за пособничество сопротивлению. В начальном ролике нам наглядно демонстрируют, как солдаты Альянса заламывают Джамиль руки и тащат в кутузку. И вот уже мы в роли отважной Ли приходим в себя в тюрьме. Что делать? Как выбраться из заточения? Ведь Ли — девушка хрупкая, крушить стены монтировкой не обучена. Но повстанцы не бросают своих в беде. Специалисты сопротивления подключаются к главному тюремному компьютеру и взламывают систему замков. Решетка камеры открывается, а вой охранной сирены дает понять, что самое время делать ноги.

Ученый Dr. Neo Cortex из Австралии мечтает поработить весь мир с помощью созданной армии мутантов. Для этого он проводит эксперименты над поневоленым зверьком Крэшем. "Чекнутый проффесор" целится в бедного подопытного пушкой, которая называется Evolvo Ray. Соглассно легенде, данный инструмент дает животным способности человека. К счастью нашему подопытному удается сбежать, правда зловещая пушка не успевает завершить свое предназначение и несчастный зверек при эксперименте теряет дар речи и лишается последних мозгов, вместо того чтобы возглавлять армию злого гения.