В 1918 году, когда гражданская война в России стала реальностью, М.Д. Бонч-Бруевич в связи с плохим состоянием здоровья попросил увольнения из армии. Он был правой рукой Троцкого в Высшем Военном Совете, техническим руководителем армии. Отставка первого красного генерала республики была крайне нежелательна.