Для наших героев наступили печальные будни: Сэм потерял Микаэлу, правительство выпускает законодательный акт о выселении Автоботов с Земли, а пока Мегатрон скрывается после позорного поражения Фоллена, десептикон Шокуэйв, правитель Кибертрона, готовится нанести визит нашей планете с совсем не добрыми намерениями. Действие заключительной части трилогии на этот раз охватит не только Землю, но и Луну, темная сторона которой хранит не менее темные тайны.

После очередного грандиозного сражения в космосе автоботы и десептиконы случайно перемещаются в прошлое, а точнее в 1982 год. Десептикон по имени Старскрим, стремящийся к абсолютной власти, уничтожает переместившегося с ним из будущего Мегатрона. Затем он проникает в секретное хранилище под дамбой Гувера и похищает энергетический куб.