У игрока есть возможность играть за Леонардо, Донателло, Микеланджело или за Рафаэля. В главной кампании могут одновременно играть один или два игрока. В турнирном режиме игроки могут сразиться с друг другом и играть, кроме Черепах, за Сплинтера, Кейси Джонса, Хамато Йоши, Черепахабота, Хана, Ороки Саки и Шреддера.